玉石分为软玉和硬玉两种，其中最多的就是翡翠和和田玉。玛瑙虽为玉髓中的一种，但是跟玉在化学成分，颜色、质地和结构以及价格上都与玉有明显的区别。如下：
1、化学成分不同：
玛瑙的主要化学成分是二氧化硅，或称为石英属于矿物宝石中的一种；
玉石的主要化学物质是含水的钙镁硅酸盐。两者在化学成分上是不同的。
2、颜色的不同：
玛瑙是隐晶质石英，质地透明度高，有各种各样的颜色品种，例如水草玛瑙、红玛瑙等等。
玉的颜色则相对少很多，常见白色和田玉、绿色的翡翠等，玉石多为基本色。玛瑙的颜色更鲜艳、且色调更多。
3、光泽度的不同：
玛瑙是一种玻璃光泽。而翡翠也是玻璃光泽，但是明显这种光泽更明亮，而且有一种刚性。软玉是半透明，光泽是一种油脂般的感觉。
4、质地的不同：
玛瑙是隐晶质体，有明显的蜡质光泽。相比与大部分的软玉，玛瑙的透明度明显高于多数的玉石，玉石中的软玉大多属于不透明。并且玛瑙的表面十分的光滑，而玉石的表面看来有种风化后的磨砂质感。
5、价格上区别：
玉石的价格相对玛瑙会高出许多，尤其是翡翠价格很高。玉石是中国传统文化的传承器具，除了本身的鉴赏性以外，还被赋予了的其他的文化象征，价值相对高点。玛瑙则就是单纯的观赏性价值，同时玛瑙也多被制成珠串类，很少有雕刻。