翡翠上有黑点通常是自然形成的矿物晶体状态，是自然现象。翡翠是由以硬玉为主的无数细小纤维状矿物微晶纵横交织而形成的致密块状集合体，主要组成物为硅酸铝钠NaAl9(Si2O6)，宝石矿中含有超过50%以上的硅酸铝钠才被视为翡翠)，往往伴生在蓝闪石、白云母、硬柱石（二水钙长石）、霰石和石英。通常翡翠上的黑点有几种可能是：
（1）极端浓郁的绿色，也就是墨色，形成的墨点，强光照射下墨点会显现绿色特征；
（2）其它半生矿物，例如褐色云母、霰石等；
（3）部分深色矿物元素富集而成，例如氧化铁、氧化铜、锰元素等富集造成的黑点。